首先，分子病理诊断为的诊断及鉴别诊断提供了依据，当遇到少见疑难或罕见病例时，尤其是通过形态学和免yi组化染色仍不能确定的类型，这时候就需要借助分子病理技术，从基因水平来判断疾病的异常情况，协助病理医生作出相对准确的诊断并判断该疾病的预后及转归。应用领域广泛的要数软组织和骨、淋巴造血系统，因为这些系统的相似而不同，单靠镜下表现和已知的已无法满足诊断需求。另外，分子病理检测也常常运用在分子分型中，比如大家熟知的分子分型，通过基因表达谱研究，可将分为管腔A型、B型，HER-2阳性型，基底样型。
FISH是原位杂交技术大家族中的一员，因其所用探针被荧光物质标记（间接或直接）而得名，该方法在80年代末 被发明，现已从实验室逐步进入临床诊断领域。基本原理是荧光标记的核酸探针在变性后与已变性的靶核酸在退火 温度下复性；通过荧光显微镜观察荧光信号可在不改变被分析对象（即维持其原位）的前提下对靶核酸进行分析。DNA荧光标记探针是其中常用的一类核酸探针。利用此探针可对组织、细胞或染色体中的DNA进行染色体及基因水平 的分析。荧光标记探针不对环境构成污染，灵敏度能得到保障，可进行多色观察分析，因而可同时使用多个探针，缩 短因单个探针分开使用导致的周期过程和技术障碍。
原位杂交的应用范围：
①细胞特异性mRNA转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；
②感1染组织中病毒DNA/RNA的检测和定位，如EB病毒mRNA、人类乳1头状瘤1病毒和巨细胞病毒DNA的检测；
③癌基因、抑癌基因及各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测；
④基因在染色体上的定位；
⑤检测染色体的变化，玉米原位杂交检测技术服务，如染色体数量异常和染色体易位等；
⑥分裂间期细胞遗传学的研究，如遗传病的产前诊断和某些遗传病基因携带者的确定，某些肿1瘤的诊断和生物学剂量测定等。
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